Verspannungen, Schmerzen ohne oder mit Bewegungseinschränkungen und ähnliche Beschwerden liegen nahezu bei jeder CMD vor und sind die Ursache für die tatsächlich wahrgenommenen Beeinträchtigungen vieler Patienten. Physiotherapie und Krankengymnastik, so der Wortlaut auf vielen Rezepten, können Schmerzen lindern, Verspannungen, Bewegungseinschränkungen und Störeinflüsse reduzieren und so dazu beitragen, dass die ärztliche oder zahnärztliche Therapie des Co-Therapeuten günstig beeinflusst wird. Idealerweise kommunizieren diese aktiv beteiligten Co-Therapeuten auch im Behandlungsverlauf miteinander, um ihre Maßnahmen aufeinander abzustimmen. Neben klassischen Behandlungstechniken in der physiotherapeutischen Praxis, werden auch Eigenübungen gezeigt und Anleitung zur Selbstbehandlung gegeben.

Der Zahnarzt oder Kieferorthopäde kann dem gesetzlich versicherten Patienten Maßnahmen aus dem gesetzlichen Heilmittelkatalog verordnen, wenn dies im Rahmen der zahnärztlichen Behandlung bei Störungen im stomatognathen System (ggf. CMD) als sinnvoll erachtet wird, sowohl als Einzelmaßnahme als auch als Maßnahmenkombination.

Besondere Qualifikationen einiger Physiotherapeuten liegen z.B. in manueller Therapie, manueller Lymphdrainage, im Bereich der neurophysiologische Grundlagen (insbesondere bei Kindern und Jugendlichen (PNF, Bobath, Vojta) und auch spezell für die Kiefergelenke. Die Verordnungspraxis durch Ärzte und Zahnärzte und die Möglichkeiten variiert dabei stark in den verschiedenen Bundesländern.